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由复日科技承担开发的国家人类基因组南方研究中心LIMS项目日前完成了整体验收

2000-08-20
       由复日科技承担开发的国家人类基因组南方研究中心LIMS项目日前完成了整体验收,经过多方面的共同努力,项目顺利竣工。该项目是围绕着一个称为CHGC SeqLIMS的计算机软件系统而展开的。SeqLIMS即Sequencing Laboratory Information Management System的简称。南方中心作为一个国家级的基因科研基地,承担着诸如人类基因组计划1% 测序等大型项目。中心每天都需要面对数以千计的测序样品和数百G的计算机分析数据,工作量相当之大。为此相适应,中心提出了更高的科研管理要求,迫切希望借助计算机来获得更高的测序效率和质量。所以,系统在设计时非常强调以下几个目标: 规范实验操作流程,建立严格的登记制度,作到责任明晰。 规范样品管理,支持条形码的使用。 由系统协助制定测序计划,上样表自动生成,根治人为错误。 建立严密的质控体系,及时反馈质量信息。 在多个平台间自动完成数据的传输、交换、备份以及与Phrad/Phrep, Blastn等软件的交互。 LIMS项目启动时,正逢1%项目大规模开展之季。但系统设计并没有单纯考虑仅仅配合该项目的需要,而是提出了更高的要求,希望建立一套符合科研单位实际特点的,适应多种项目需要的工作流和数据流。系统运行可贯穿:需求计划、菌种制备、质粒抽提、反应、测序、读序、检查、分析、备份等整个过程,适用于绝大多数的测序实验室。 
系统在具体实现上采用了许多先进技术。整个系统大量采用了Java技术,软件不但可跨平台运行,而且还具备了企业级的应用支持能力。服务器端基于强大的Sun Solaris和Linux系统,采用高效的MySQL关系型数据库。客户端软件则可运行在Windows、Mac OS、Linux或其他具有Java支持的系统上。 对于南方中心LIMS项目,现在无疑已经画上了一个圆满的句号,但在项目完成后复日科技又有了不少新的计划和目标。LIMS是主要针对大规模测序而设计的,而在国内还有着不少单位,如一些面向功能研究的疾病相关基因实验室,他们的测序量虽然并不庞大,但也迫切希望能够建立自己的基因数据库。可是往往受到人力物力上的限制,又无法立即实现。复日科技正在努力寻找出方法来解决这些问题,如通过ASP(Application Services Provider)的方式,以实现数据的集中计算和存储,使得用户单位大大降低运行成本,同时又能使用到最佳的计算资源。